Fin dalla prima età moderna, l'isola è al centro di contrasti tra le autorità civiche e quelle ecclesiastiche di Iglesias.

A partire dal 1615, anno di ritrovamento dei sacri resti del santo, la contesa trova una sua prima composizione: da quel momento l'isola del santo viene amministrata dall'autorità ecclesiastica che concede quote di territorio a pastori e contadini che vogliano sfruttarle e al contempo garantire la difesa del santuario, intorno al quale vengono edificate delle abitazioni la cui principale destinazione è ospitare coloro che si recano in pellegrinaggio sull'isola del santo.

Nel 1720 il Regno di Sardegna passa sotto il dominio di Casa Savoia e anche l'isola di Sant'Antioco viene inserita nel programma di ripopolamento della Sardegna promosso da Carlo Emanuele III a partire dagli anni Trenta: il governo decide di assegnare l'isola a una colonia di greci provenienti dalla Corsica. I relativi capitoli di popolamento vengono sottoscritti nell'aprile del 1754.

La città regia di Iglesias oppone una tenace resistenza a difesa delle sue prerogative economiche e spirituali, riuscendo ad impedire l'attuazione del programma governativo di colonizzazione. Inoltre, la città promuove lo stanziamento permanente di coloni iglesienti e la formazione di una colonia di popolamento intorno al santuario di Sant'Antioco. Si tratta del nucleo fondativo dell'attuale cittadina di Sant'Antioco.

Disponiamo del dettagliato elenco di nomi e possedimenti, verosimilmente redatto dall'intendente generale del Regno di Sardegna, sulla base di una ispezione condotta direttamente sull'isola.]]>